Em Portugal, esta espécie está classificada como espécie "Em Perigo de Extinção", segundo o "Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal". 

Ainda assim, como estas aves têm origem num centro de recuperação espanhol e não foram devolvidas ao estado selvagem por lesões impeditivas de voo, os visitantes do Parque Biológico de Gaia podem agora observar águias-de-bonelli.
Esta espécie de ave de rapina é a mais pequena e discreta das três grandes águias que ocorrem em Portugal.