Lagos, rios e zonas alagadas pouco profundas. Em território nacional, ocorre em zonas inóspitas e de difícil acesso, nas regiões mais interiores, especialmente nos troços internacionais dos rios Douro, Tejo e Guadiana.
A dieta compõe-se de preferência por peixes, anfíbios, crustáceos e micromamíferos.
Inicia a época de reprodução assim que chega da sua migração em Março. Nidifica preferencialmente em escarpas altas, ou árvores altas e maduras, mas sempre longe da perturbação humana. Os ninhos são grandes e construídos com paus e lama. As posturas são geralmente de 3 a 5 ovos, na última quinzena de Março, sendo incubados durante 35 a 36 dias. As crias são alimentadas no ninho até aos 2 a 2,5 meses de vida.
Dentro da família das cegonhas (Ciconiidae), a cegonha-preta é a espécie que apresenta a mais ampla distribuição geográfica.
Os principais fatores de ameaça estão associados à construção de grandes hídricas (responsáveis pela submersão de áreas de nidificação importantes desta espécie), aos fogos florestais, à contaminação das águas e às atividades recreativas (causadoras de perturbação dos locais de nidificação e de alimentação).
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