Os estuários como zonas ecologicamente importantes, que merecem muito cuidado no que toca à sua preservação.
Área de encontro entre a água do rio e o mar, a água doce que ali aflui traz consigo elevada carga de nutrientes e de matéria orgânica, que o rio acolheu ao longo do seu leito. Este facto gera condições para o desenvolvimento de uma cadeia alimentar altamente produtiva.
Os estuários são também maternidades, locais de postura e de desenvolvimento de juvenis de várias espécies de peixe que aproveitam os esconderijos proporcionados pelas plantas do sapal ou a água de menor profundidade para terem tempo de se alimentar e crescer até que possam voltar ao mar.  
Existem também os valores de paisagem e de turismo de natureza, particularmente de observação de aves selvagens, que na Europa e noutros países desenvolvidos do mundo representa uma parcela economicamente atrativa.